Coulson发现一座古代城市与他的复活有关，他和他的团队抢在Hydra组织获悉它的秘密之前将它摧毁。在此期间，邪恶的Whitehall也一同被 除掉。但新的威胁开始出现，其中就包括Skye的父亲Cal——他憎恨Coulson毁掉了他向Whitehall复仇的机会，因此他发誓要与神盾局为 敌。前神盾局特工Ward与33号特工建立起令人不安的联盟关系。外星方尖碑激活了Raina体内的某些东西，这个高深莫测的女人变身为一种异人生物。她 无法接受这个事实，她要复仇。Skye也因为受到方尖碑的影响而产生了神秘而特殊的超能力，但是她在这方面没有任何经验，她的一举一动随时都可能危及自己 所爱之人的安全。与此同时，Bobbi和Mack开始实施秘密计划中的下一个步骤，这对Coulson及其团队有着深远的影响。另一股神秘力量正在快速逼 近，但这些人却浑然不知。Hunter必须做出自己一生中最重要的一个选择，Coulson发现他的任务已经受到严重威胁。